Nació el 3 de julio de 1927, en la comunidad de Boca de Licey, Tamboril, provincia de Santiago. El 26 de septiembre de 1941 ingresó al Seminario Menor Padre Fantino Falco, en el Santo Cerro, La Vega. Cursa sus estudios de humanidades en el Seminario Santo Tomás de Aquino. Ordenado presbítero el 12 de julio de 1953. Licenciado en Teología Dogmática por la Pontificia Universidad de Comillas; Licenciado en Derecho Canónico por la Pontificia Universidad Lateranense y Doctor en Derecho Canónico por la Pontificia Universidad de Comillas; fue nombrado al llegar al pais canciller y presidente de Tribunal Eclesiastico y profesor en la recien creada Univerisidas Madre y Maestra. trabajo en la parroquia Santa Ana, de Navarrete, San Pablo Vila Gonzalez, Santo Cura de Ars; de Pueblo Nuevo, San Juan Evangelista, Sagrrado Corazon de Jesús, de Licey al Medio. elegido Obispo de la Vega, el 22 de abril de 1966. Recibe la ordenación episcopal el 12 de junio del mismo año. Es nombrado Obispo de la diócesis de Santiago el 13 de Julio de 1992. Tomó posesión de esta diócesis el 22 de agosto de ese mismo año. El 14 de febrero de 1994 fue nombrado primer Arzobispo Metropolitano de Santiago de los Caballeros, al ser elevada ésta a Arquidiócesis. Hombre de una recia personalidad y de un profundo sentido pastoral, Mons. Flores Santana no solo dio continuidad a la obra iniciada por Mons. Roque Adames, sino que dio inicio a una amplia campaña de evangelización por medio de la sectorización y creación de nuevas parroquias, además impulsó la pastoral social y carcelaria, la pastoral familiar, la pastoral laical, entre otras. Al momento del retiro del gobierno pastoral de la Arquidiócesis, la diócesis tenía 86 parroquias de las cuales 58 fueron creadas por él. La labor pastoral de Monseñor Flores se caracterizó por su celo por la propagación del evangelio. Entre los últimos aportes del episcopado de Mons. Flores cabe destacar la creación de la radioemisora católica ´´Radio Luz´´, con la finalidad de extender la Palabra de Dios a través de los medios de comunicación. Sin dejar de cumplir con su deber pastoral dedicaba tiempo a escritura. Monseñor nos dejó una amplia bibliografía, entre esta están: La isla española cuna de la evangelización de América, Celibato y virginidad por el reino de Dios, Dios y el Hombre, Vivamos con gozo nuestro sacerdocio, Vive y defiende tu fe católica, Catecismo de la Iglesia Católica, compendio; Compendio de notas pastorales, donde se recoge su memoria entre otras obras. En definitiva, no hay espacio para expresar la vida de santidad que hasta su muerte vivió y exhibió monseñor Flores, ni para destacar destacar su valiosa labor social en favor de los mas necesitados ni la iniciativas llevadas a cabo en las diócesis que le tocó pastorear.